Lo show conosciuto come WWF Smackdown! nasce il 29 Aprile del 1999 trasmesso sul canale UPN per competere con l'altro show del giovedi sera, Thunder, di proprietà della WCW. La puntata trasmessa nel mese di Aprile era un pilot per testare gli interessi del pubblico, questo episodio ottiene ottimi risultati tali da portare il network ad accettare il contratto e a trasmettere il programma a partire dal 26 Agosto 1999, lo show ha mantenuto fino al 9 Settembre 2005 lo stesso format, ovvero registrato di martedì per essere trasmesso il giovedì.
Il programma ha sempre mantenuto la durata di due ore fin dalla puntata pilota.

Nel Settembre 2005, anche a causa di ratings in calo, UPN decide di trasferire il programma al venerdì, serata che presenta una fetta di pubblico minore rispetto al giovedì.
Con la fusione tra il canale UPN e WB nasce nel 2006 un nuovo canale, CW che a partire dal 22 Settembre presenta Smackdown!!, sempre al venerdì sera.

Nel 2008 si concludono i rapporti della WWE con il canale CW e Smackdown!! si trova alla ricerca di un nuovo canale, la scelta cade su MyNetwork TV un canale giovane con dei ratings minori rispetto a quelli del canale precedente. Il debutto avviene il 3 Ottobre 2008 ed ottiene un buon successo tale da diventare il programma più visto della rete.

Nel brand di Smackdown!! figurano quattro titoli: il WWE Title, il US Title, il Diva's Title e il WWE Tag Team Titles. Tutti i titoli, ad eccezione del WWE Title attivo nella compagnia sin dagli anni '60, sono di nuova costituzione nati dopo la brand extension del 2002.